地方公共団体情報システム機構(J-LIS)は2019年11月11日、いくつかの市区町村でマイナンバーカードの内蔵ICチップに搭載した公的個人認証(JPKI)の電子証明書を更新できないトラブルが発生し、同日午後4時に復旧したと公表した。同日、菅原泰治理事らが記者会見を開き、「住民や自治体職員をはじめとする関係者の皆様に多大なご迷惑をおかけしたことを深くおわび申し上げます」と謝罪した。

J-LISの記者会見の模様
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 J-LISによると、11日午前8時48分に京都府長岡京市からJ-LISのヘルプデスクに「更新手続きができない」との報告があり、同日中に同様の問い合わせなどが約240件あった。J-LISが担当ベンダーに依頼して午後2時20分にサーバーを再起動したところ復旧し、午後4時にサービスを再開した。

 原因については現在も調査中で、「電子証明書の鍵を生成するサーバーと、鍵が過去に発行されていないかを確認するサーバーとの通信処理がうまくいかなかった」と説明している。J-LISは11日午前10時6分、各都道府県に対して電子証明書の発行処理に異常が発生したことをメールで通知し、電子証明書の発行や更新を停止するよう求めていた。

 ただ自治体関係者の間では、更新作業のために11日午前中にいったん失効した一部の電子証明書の更新や発行がうまくできないという情報もあり、J-LISは「現在確認している状況」という。